Punkalaitumen kirkon vihki käyttöön Rovasti Idman 1774.
Punkalaitumella on ollut kirkko vuodesta 1639 lähtien. Silloin seurakunta määrättiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi Pietari Brahen perustamisasiakirjan nojalla. Vanhaa kirkkoa kunnostettiin 1700-luvulla useaan otteeseen. Salama kuitenkin sytytti kirkon 1773 ja oli aloitettava uuden kirkon rakentaminen.
Uuden kirkon suunnitteli ja rakensi Johan Björman. Se nousi vanhan kirkon viereen punkalaitumelaisten omista puista ja osin omin voiminkin. Kirkko rakennettiin pitkäkirkoksi. Myöhemmin kaksi sivueteistä yhdistettiin kirkkosaliin, jolloin kirkko sai nykyisen ristikirkon muodon. Kellotapuli tehtiin ajan tavan mukaan kirkon länsipäähän. Piirustuksissa se oli piirretty sirommaksi, mutta rakennusvaiheessa päädyttiin kustannussyistä yksinkertaisempaan ja massiivisempaan muotoon. Kirkkoa on korjattu vuosina 1939 ja 1983. Ulkoremontti ja -maalaus on tehty 1994.
Vuoden 1796 maalaustöiden yhteydessä maalaria pyydettiin maalaamaan myös alttaritaulu. Sen jälkeen niitä oli kaksi asetettuina päällekkäin. Toinen esitti Jeesusta ristillä ja toinen ehtoollista. Näihin ei kuitenkaan oltu tyytyväisiä, joten alettiin kerätä varoja uuteen tauluun. Nykyinen taulu on Alexandra Såltinin maalaama vuodelta 1888. Se esittää Kristuksen kirkastamista.
Nykyisin kaunista alttaria koristaa punkalaitumelaisen Irma Kinnarin suunnittelemat ja kutomat alttarin kirjaliinat ja etusivun tekstiili (antependium).