Parafię w Prokocimiu, wtedy podkrakowskiej wsi, erygowano 1 stycznia 1917 roku. Wydzielono ją z parafii w Bieżanowie.
Nowa parafia znajdowała się pod opieką duszpasterską ojców augustianów a nabożeństwa odbywały się w kaplicy Najświętszej Marii Panny, to dzisiejszy kościół św. Mikołaja z Tolentino.
W roku 1932 rozpoczęto budowę kościoła parafialnego ale prace szły powoli.Powodzie, kryzys ekonomiczny i związany z nimi brak funduszy spowodował wstrzymanie prac w 1938 roku. Do tego czasu zostało wybudowane prezbiterium z zakrystią i kaplicą.
Wznowiono prace przy budowie kościoła dopiero po II wojnie światowej w 1948 roku.
W 1950 roku, po rozwiązanie w Polsce zakonu oo. augustianów, parafia przeszła pod opiekę duszpasterską księży diecezjalnych.
Arcybiskup Eugeniusz Baziak w dniu 24 listopada 1957 uroczyście konsekrował kościół. Od tego czasu trwały prace związane z wykończeniem i ozdobieniem budowli a w 1964 poświęcono ołtarz główny.
Jest to chyba najdłużej budowana, w XX wieku, krakowska świątynia. Prace budowlane przy niej trwały ponad