Le village de Celles est fondé avant l'an mille par l’Abbaye de Saint Sernin de Toulouse sous le nom de Saint-Michel de Celles.
En 1243, on trouve trace de Celles dans les terres de la chatellenie de Roquefixade (Roquefixade, Nalzen, Celles, Soula, Leychert, Saint-Cirac et En Rivière) située en Languedoc.
Cependant Celles sera distincte de la châtellenie de Roquefixade et semble avoir constitué une enclave entre le Comté de Foix et la Province du Languedoc.
La famille seigneuriale émigrera en Espagne à la Révolution,l’église du village, se trouvant alors dans le château restera paroissiale.