Der Zeisigwald ist ein Mischwald, speziell ein submontaner HainsimsenEichen-Buchenwald. Vorherrschende Baumarten sind Buche, Eiche, Fichte, Lärche und Kiefer. Außerdem wurden Ende des 19. Jahrhunderts zahlreiche Weymouth-Kiefern, Stech-Fichten, Robinien und Roteichen angepflanzt.
Die Buchen- und Eichenbestände im Zeisigwald sind bevorzugte Brutgebiete für Greifvögel und Spechte. In kleineren Höhlen nisten Fledermäuse und Wildbienen.
Seit 2002 ist die Forstwirtschaft im Zeisigwald FSC zertifiziert (https://www.youtube.com/watch?v=h_SyPeBxT3I). Besonders im südlichen Teil des Waldes ist die Bodenvegetation artenarm und lässt auf Bodenversauerung schließen. Durch den Wald ziehen sich unzählige kleinere Bachläufe die aus Sickerwasserquellen entspringen. In einigen Teilen haben sich mehrere kleinere Moore gebildet, dabei finden sich vor allem Versumpfungsmoore.
Diese entstehen in flachen Senken (entstanden hier im Zeisigwald auch durch Bombendetonationen) bei periodischer Vernässung auf stark verdichteten oder tonigen Böden oder auch in Sandgebieten mit dem Anstieg des Grundwasserspiegels. Versumpfungsmoore bilden sich vor allem in flachen Landschaften.
Die Mächtigkeit der Torfe (organisches Sediment, das in Mooren entsteht) ist meist gering (nur selten mehr als 1 m). Da der Grundwasserstand natürlichen Schwankungen unterzogen ist, wird der Torfkörper ab und zu durchlüftet. Daher sind die Torfe in Versumpfungsmooren für gewöhnlich stark zersetzt und damit meist nährstoffreich.