Uczelnia początkowo występowała pod nazwą Szkoły Agronomicznej. Oficjalne otwarcie nastąpiło w 1820, ale pod inną, ostateczną już nazwą - Instytut Agronomiczny. Orędownikami jej założenia byli Stanisław Staszic i Stanisław Kostka Potocki, a jej pierwszym dyrektorem został Jerzy Beniamin Flatt. Siedzibą Instytutu był dawny pałacyk Marii Kazimiery, żony Jana III Sobieskiego. Na parterze budynku zlokalizowano kaplicę, a na piętrze - gabinety. Plan przebudowy i przystosowania budynku do potrzeb Instytutu przygotował architekt Antonio Corazzi, który zaprojektował też gmach główny szkoły. Instytutowi przydzielono dobra rządowe – Marymont z Bielanami i folwarkami (Ruda,Wawrzyszew, Buraków).
Dawne zabudowania Instytutu Agronomicznego zostały przekształcone w koszary kawalerii, a w 1954, po kilkakrotnej w międzyczasie zmianie użytkowników i po zniszczeniach wojennych, zostały rozebrane. Zachowała się jedynie dawna kaplica uczelniana, rozbudowana, przebudowana i przekształcona w kościół pw. Matki Boskiej Królowej Polski, prowadzony przez Zgromadzenie Ojców Marianów.