In der Gemeinde liegen folgende drei Orte und Gemarkungen: Waltenhausen, Hairenbuch und Weiler;
Waltenhausen liegt an der Mündung des Weilerbachs in den auch Krumbächle genannten Krumbach. Weiler liegt südlich von Waltenhausen auf dem Riedel zwischen den Tälern dieser beiden Bäche. Hairenbuch liegt westlich von Waltenhausen im Tal der Gutnach.
Im Jahr 1120 wurde Waltenhausen erstmals urkundlich erwähnt. Die Familie von Wernau hatte von 1423 bis 1541 die Herrschaft in Waltenhausen inne. Die Fugger erwarben von ihnen 1541 die Herrschaft, ab da gehörte Waltenhausen zur Fuggerschen Familienstiftung. Sieben Jahre später entstand an der Stelle des Werdnau'schen Schlosses das Pfründespital Waltenhausen das im Jahr 1824 bis auf den ehemaligen Zehentstadel abgebrochen wurde. Dieser wurde noch lange Zeit als Fugger'sches Forsthaus genutzt. Mit der Rheinbundakte 1806 kam der Ort zu Bayern.