Šv. Antano Paduviečio parapija įkurta 1933 m. Koplyčios rektoriumi paskirtas kan. Juozas Želvys (1899–1985; bažnyčios statytojas palaidotas šventoriuje). Pradžioje laikinoji Šv. Antano Paduviečio bažnyčia buvo įrengta netoli dabartinės bažnyčios esančioje prieglaudos namų patalpoje.
1936 m. sausio 26 d., kai jau buvo paruoštas bažnyčios projektas, bendrame susirinkime buvo nuspręsta kuo greičiau statyti mūrinę bažnyčią, nes koplyčioje jau buvo ankšta. Tad buvo nuspręsta kiekvieną mėnesį daryti rinkliavas parapijos ribose. Rinkliavų metu buvo dalijami paveikslėliai su statomos Šv. Antano bažnyčios paveikslais. Šv. Antano globa lydėjo šį darbą. 1936 m. kovo 28 d. pradėta statyti mūrinė stačiakampė vienabokštė, trinavė bažnyčia pagal inžinieriaus Antano Bistricko projektą. Tais pačiais metais ją pašventino kanauninkas Juozas Byla. Pamatai buvo pašventinti 1936 m. gegužės 10 d.
Šv. Antano Paduviečio skulptūrą sukūrė skulptorius Juozas Zikaras. 1937 m. gegužės 9 d. ji buvo iškilmingai pašventinta. Dalyvavo ir Lietuvos valstybės Prezidentas Antanas Smetona. Vėliau buvo nupirktos trys cementinės skulptūros: šv. Jono Bosko su dviem vaikeliais, Švč. Jėzaus Širdies ir šv. Teresėlės. Pirmasis kryžius pastatytas šventoriuje – ąžuolinis, 550 metų krikščionybės įvedimo Lietuvoje jubiliejui paminėti – 1938 m. spalio 30 d. kryžiaus kelio stotys buvo perkeltos iš koplyčios; vėliau iš Pranciškonų vienuolyno gautos didesnės. (1957 m. buvo pakabintos bareljefinės gipsinės Kryžiaus kelio stotys, sukurtos vieno žymaus prancūzų skulptoriaus, kurio pavardė, deja, nėra žinoma).
Šv. Antano Paduviečio bažnyčia buvo konsekruota 1942 m. rugsėjo 20 d. nuo 8 iki 11.30 val. Konsekravo arkivyskupas metropolitas Juozapas Skvireckas. Šv. Mišias aukojo vyskupas Vincentas Brizgys.
Iš šios parapijos kilusi XX a. tikėjimo kankinė, Dievo tarnaitė Elena Spirgevičiūtė (1924-1944), katalikė pasaulietė, studentė skautė, gynusi skaistumą ir paaukojusi gyvybę už garbę ir orumą.
Beatifikacijos arba kankinystės deklaravimo byla pradėta 2000 m.
1998 m. iš parapijos dalies arkivyskupo S. Tamkevičiaus dekretu buvo įsteigta Gerojo Ganytojo parapija.
Šaltiniai: http://www.kaunoarkivyskupija.lt/kaunas/antano-p/ & http://www.xxiamzius.lt/numeriai/2009/03/27/atmi_01.html