Šunskų kaimo kapinėse XVIII a. antrojoje pusėje buvo koplyčia. Prie jos 1785 m. pastatyta klebonija, apsigyveno kunigas. 1795 m. pastatyta akmenų mūro bažnyčia, Vilkaviškio parapijos filija. 1819 m. veikė parapinė mokykla.
Prastai pastatyta bažnyčia pradėjo griūti. Kunigo Simano Kudirkevičiaus rūpesčiu 1865 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją konsekravo vyskupas Konstantinas Irenėjus Lubenskis. Kunigas Jonas Totoraitis 1906 m. įsteigė „Žiburio“ draugijos skyrių ir biblioteką.
Bažnyčia neogotikinė, stačiakampio plano, vienabokštė, su žema trisiene apside, šoniniais priestatais. Šventoriaus tvora metalinė, jos cokolis akmenų mūro, stulpai sumūryti iš plytų. Tvoroje įmūryta koplyčia.
