1940 m. baigė Kauno „Aušros“ gimnaziją, Kauno universitete studijavo architektūrą. Būdamas gimnazistu priklausė ateitininkų organizacijai, per pirmąją sovietų okupaciją – Lietuvos aktyvistų frontui. 1941 m. buvo kalinamas, į laisvę išėjo tiktai karui prasidėjus. Vokietijai okupavus Lietuvą, dalyvavo pogrindinėje veikloje prieš vokiečius. Grįžus sovietams, priklausė pogrindžio Lietuvos išlaisvinimo tarybai, o ją sunaikinus, buvo Lietuvos partizanų sąjūdžio organizacinio skyriaus viršininkas. Prasidėjus Lietuvos partizanų sąjūdžio areštams,
1946 m. išėjo partizanauti, buvo paskirtas Tauro apygardos Geležinio Vilko rinktinės spaudos skyriaus viršininku, rezistencinių laikraščio „Laisvės žvalgas“ ir „Kovos keliu“ organizatorius ir redaktorius. Dalyvavo Vyriausiosios partizanų vadovybės kūrime. Nuo 1947 m. vadovavo Kauno apylinkėse veikusiai partizanų Tauro apygardos Birutės rinktinei.
1949 m. gavo specialius įgaliojimus atstovauti įkurtam Lietuvos laisvės kovos sąjūdžiui užsienyje. 1950 m. grįžo į Lietuvą, paskirtas Ginkluotųjų pajėgų štabo žvalgybos skyriaus viršininku. 1950 m. jam suteiktas Laisvės kovos karžygio garbės vardas, taip pat apdovanotas 1-ojo laipsnio Laisvės kovos kryžiumi.
1951 m. suteiktas partizanų majoro laipsnis. 1951 m. dvigubo agento išduotas mirė Lietuvos miškuose, į pietus nuo Kauno, ties Pabartupio kaimu.
1998 m. partizano žūties vietoje ties Pažėrais (Kauno raj.) pastatytas skulptūrinis Vyčio kryžius (skulp. Juozas Šlivinskas). 2008 m. vasario 13 d. žūties vieta paskelbta kultūros paminklu.
Pasak istorikų K. Kasparo ir V. Vitkausko, „okupuotoje Lietuvoje Juozui Lukšai karas nesibaigė ir po mirties. Ideologiniame kare jis tapo didžiausiu sovietinės „liaudies priešu“, „banditu“, „buržuaziniu nacionalistu“, „Amerikos diversantu ir šnipu“. Propagandinėse knygose (Vanagai iš anapus ir kt.) jis vaizduojamas kaip godus ir žiaurus nacistas, girtuoklis, žudęs ne tik taikius žmones, bet ir nebeparankius savo bendrus. Jo ginklai ir daiktai eksponuoti netgi Maskvoje, uždarame KGB muziejuje.
Tikroji Juozo Lukšos gyvenimo istorija pasiekė Lietuvą tik atgavus Nepriklausomybę. Partizanai išversti į švedų, anglų, vokiečių kalbas. Apie Lukšą kuriami filmai (Vienui vieni, rež. Jonas Vaitkus, 2004; Nematomas frontas, rež. Jonas Ohmanas, 2011, rašomos knygos ne tik lietuviškai, bet ir angliškai
http://www.šaltiniai.info/index/details/1285
