De Stekense Vaart heeft een lange geschiedenis. In 1315 liet de Graaf van Vlaanderen Robrecht III van Béthune, dit kanaal graven als onderdeel van de waterweg van Gent naar de Westerschelde ten noorden van Hulst. Hij liet het kanaal, toen gekend als de Gentsevaart of het Kanaal van Hulst, aansluiten op de reeds bestaande Moervaart. Dankzij deze waterloop konden de omliggende moerassen worden drooggelegd en werden landbouwgronden gecreëerd. De vaart speelde tevens een belangrijke rol bij het vervoer van turf (uit de veenmoerassen ten oosten van Hulst) en later ook vlas en producten die door de talrijke Stekense tichelbakkerijen in de buurt van het Steengelaag vervaardigd werden.[1] Vanaf de 15e eeuw werden miljoenen tegels, dakpannen en bakstenen vervoerd door schuiten die door paarden (en zelfs mensen) langs het jaagpad werden getrokken.
Ten tijde van het Beleg van Antwerpen liet Alexander Farnese, Hertog van Parma, in 1584 om militair-strategische redenen de Parmavaart aanleggen, waardoor de Stekense Vaart vanaf Kemzeke in verbinding kwam met de Schelde in Kallo. Op die manier konden vanuit Gent zowel soldaten als oorlogsmateriaal via de vaart worden getransporteerd.
Door het afdammen van de Durme in Lokeren in 1955 verloor de Stekense Vaart zijn natuurlijke getijdenwerking. De vaart slibde langzaam dicht en werd onbevaarbaar verklaard. De kosten voor het baggeren wogen niet meer op tegen het economisch nut. Toch werden nog tot 1970 producten van de laatste Stekense steenbakkerij, Tuileries Sainte Marie, over de vaart vervoerd. Sinds 1964 staat het waterpeil van de Stekense Vaart en de Moervaart ook merkelijk hoger dan het niveau van het lager gelegen valleigebied. Een natuurlijke afvloeiing van het water is niet meer mogelijk waardoor pompgemalen voor de drainage van de omliggende meersen noodzakelijk zijn.
Omdat in de jaren ’70 en ’80 een groot deel van het afvalwater van Stekene, Sinaai en Sint-Niklaas ongezuiverd in de Stekense Vaart terecht kwam, werd het ook wel eens de “stinkvaart” genoemd.