Le nom de la rivière fut mentionnée par James McKenzie à l'assemblée législative du Bas-Canada en 18244. L’occupation de la région remonte à la fin des années 1830. En 1842, une scierie fut construite près de l’embouchure de la rivière Petit Saguenay. William Price l’acheta en 1844 et y établit une ferme modèle qui devint aussi le quartier général de ses activités dans la région. Il s’ensuivit une raréfaction des saumons de la rivière, liée à la présence des scieries et à la surpêche.
L’incendie de la scierie de M. Price, en 1870, entraîna le déplacement des habitations en amont, sur le site actuel du village de Petit-Saguenay.
Les droits de pêche au saumon dans la rivière Petit Saguenay ont d’abord été détenu par William Price. À la fin du XIXe siècle, ils sont passés entre les mains de plusieurs riches anglophones, avant d’être accordés à des clubs et Associations. En 1950, un groupe d’Américains acquit des terrains bordant la rivière, en amont du village, et construisit des chalets de pêche. Cet ensemble (terrain et construction), connu sous le nom de «Club des messieurs», est aujourd’hui géré sous le nom de Site de la rivière Petit-Saguenay5.