La grotte de Coinans porte également le nom de "Grotte de l'Assassin" : en effet, vers 1920, un assassin s'y réfugia après avoir tué le couple de fermiers de la grange de Coinans toute proche. Il fut le dernier condamné à mort guillotiné dans le Jura.

Le porche d'entrée donne accès à un passage bas conduisant à une salle de 10 x 30 m. On remonte alors un talus d'éboulis, suivi d'un passage bas de 4 m qui débouche au sommet d'un puits de 6 m noyé à sa base. Ne pas descendre cet obstacle, mais le traverser pour accèder à la galerie qui lui fait face.

Un ressaut de 5 m permet ensuite de déboucher dans une vaste salle concrétionnée. Un couloir ascendant débouche dans une troisième salle, aux dimensions plus modestes, dans laquelle s'ouvrent deux puits de 2 m, donnant accès à une étroiture inondée, dont le franchissement impose un bain partiel.

On débouche alors dans une quatrième salle concrétionnée. L'accès à la salle terminale ("Salle des Gours") peut se faire soit par l'ascension d'un monticule glaiseux suivi d'un ressaut de 6 m, soit par le franchissement d'un boyau étroit inondé qui s'ouvre à sa base.

Un séjour prolongé au-delà de la troisième salle est déconseillé en période de hautes eaux, cette partie de la cavité étant alors susceptible de se noyer partiellement.

Il n'est pas nécessaire de pénétrer profondément dans la grotte pour trouver la boite.