Nazwa tej miejscowości najprawdopodobniej pierwotnie oznaczała ludzi pochodzących z Prus i została po raz pierwszy odnotowana w dokumentach z 1289 roku.
W czasach I Rzeczypospolitej Prusy stanowiły własność arcybiskupów gnieźnieńskich. W skład majątku wchodziły m.in. dwór z folwarkiem, karczma i młyn.Chłopi folwarczni jako poddani duchowieństwa zwolnieni byli z płacenia „dziesięciny”, pozostali kmiecie płacili ją na rzecz prebendy karniowskiej w katedrze krakowskiej a także na rzecz plebanów parafii w Luborzycy.Majątek w Prusach zarządzany był w tym okresie przez dzierżawców lub też zarządców arcybiskupich.
Po upadku I Rzeczypospolitej Prusy znalazły się po austriackiej stronie granicy. Postanowienia Kongresu Wiedeńskiego (1814-1815) włączyły tą miejscowość w obręb Wolnego Miasta Krakowa a po jego likwidacji w 1846 ponownie do monarchii Habsburgów.
W XIX stuleciu Prusy przestały być własnością duchowną ponieważ dwór i majątek ziemski przejęty został przez władze austriackie a następnie sprzedany w ręce prywatne. Pośród pierwszych prywatnych właścicieli majątku w Prusach wymieniani są bracia Gasińscy.
W roku 1857 wybuchł pożar, który zniszczył budynki dworskie w Prusach. Przyczyny tego pożaru pozostały nigdy nie wyjaśnione, choć długo jeszcze w samych Prusach mówiono o podpaleniu.
W drugiej połowie XIX wieku majątek w Prusach należał najpierw do Jana Goetza a następnie do Jakuba Johna właściciela browaru i jednego z najzamożniejszych mieszkańców ówczesnego Krakowa. W okresie tym istniała już w Prusach szkoła ludowa, jedna z najstarszych szkół tego typu na terenie dzisiejszej Gminy Kocmyrzów-Luborzyca. Aż do roku 1910 była to szkoła dwuklasowa. Obecnie w odnowionym budynku jest szkoła sześcioklasowa z nowoczesną salą gimnastyczną.Trudności finansowe rodziny Johnów doprowadziły do sprzedaży przez nich majątku w Prusach na drodze licytacji. W ten sposób nabył go w 1895 roku A. Brzeski.
W okresie międzywojennym majątek w Prusach został zakupiony przez Fundację Piotra Michałowskiego z Krakowa która znajdowała się pod opieką Krakowskiej Kurii Metropolitalnej. W latach pierwszej połowie lat trzydziestych (1933-1934) z inicjatywy biskupa krakowskiego, księcia – kardynała Adam Sapiehy wybudowano budynek przeznaczony dla osieroconych i pozbawionych opieki chłopców. Obecnie jest w nim Dom Pomocy Społecznej Zgromadzenia Córek Bożej Pomocy.
Po zakończeniu II wojny światowej i wprowadzeniu w życie dekretu o reformie rolnej majątek w Prusach został przejęty przez władze państwowe. Jego znaczna część została przekazana obecnemu Uniwersytetowi Rolniczemu w Krakowie, który utworzył w Prusach Zakład Doświadczalny Hodowli Roślin.
Do skrzynki można dojechać samochodem i nie trzeba wchodzić na tereny dworu. Bardzo uważać należy na mieszkańców pobliskich bloków.
http://www.kocmyrzow-luborzyca.ug.gov.pl