La première trace historique de Miserey remonte à 1143, avec le premier nom : Misere (1143) Mesirey (1189) Messerey (1413) Miserey (1475) Miserey-Salines par décret du 24/01/1922.
Parmi plusieurs étymologies possibles, Miserey serait un dérivé des maisières, issues du latin maceria, qui désignait les ruines mais aussi les murs de clôture en pierre sèche... ce qui expliquerait leur présence sur les hauteurs du village.
"Silex, voie antique, éléments d'habitations gallo-romaines, sépultures burgondes, témoignent de l'ancienneté du village, sans oublier le mur dit "gallo-romain" bordant le cimetière. Un château devait occuper au XIIIe siècle la hauteur qui domine le village." selon les Archives Départementales du Doubs.
"Le XIX° siècle est marqué par la découverte de riches gisements de sel gemme en 1866, et l'installation du chemin de fer reliant Besançon à Vesoul - 6 km de canalisation alimentent les bains de la Mouillère à Besançon, jusqu'à la fermeture dans les années 1960. Autrefois pays des vignes et des mirabelliers, Miserey jusqu'au XIX° siècle était tourné vers l'agriculture."
- 1834 : fontaine-lavoir-abreuvoir
- 1873 : Mairie-Ecole (Architecte DUMONT) ;
- 1899 : l'adduction d'eau ;
- 1968 : tout à l'égoût ;
- 1930 puis 1980 : les groupes scolaires.
Références : (Dictionnaire des Communes du Doubs).