De twee Ekerse Putten werden in de jaren twintig uitgegraven in het kader van de aanleg van het rangeerstation Antwerpen-Noord (1925-1930). De grond werd gebruikt voor het ophogen van de bodem in het station. Dat de putten als waterreservoir voor de stoomtreinen zouden hebben gediend is een hardnekkige mythe die in de streek de ronde doet. Door de massale aanwezigheid van fossiele kalk (schelpen) in desedimentlagen daterend uit het plioceen en mioceen heeft het water een hardheid van meer dan 35 graden DH, wat het ongeschikt maakt als proceswater voor stoomketels.
De grote vijver - die een maximumdiepte heeft van ongeveer 21 m - is één van de meest populaire duikplaatsen in Vlaanderen.[1] Dit komt doordat in de loodrechte kleiwanden (van 5 tot 10 m diepte) duidelijk herkenbaar fossiele schelplagen voorkomen.
De volgende vissen komen courant in de vijver voor: karper, baars, paling, snoek. Daarnaast zijn er ook rivierkreeftjes en mosseltjes aanwezig.