W 1279 r. na mocy przywileju księcia wielkopolskiego Przemysława II osiedlili się we Wronkach dominikanie. W rok później rozpoczęto budowę kościoła i klasztoru, który uległ całkowitej ruinie w 1603 r.
Obecny kościół pochodzi z końca XVII w. Fundatorem był prawdopodobnie Jan Korzbok Łącki, a projektantem Krzysztof Bonadura, zw. Starszym. W 1838 r. nastąpiła kasata klasztoru. Ponieważ całemu zespołowi groziła rozbiórka lub zamiana na cele świeckie (szkoła), aby uratować ten pomnik kultury katolickiej, powstał obywatelski komitet, który postawił sobie za zadanie wykupienie całego zespołu. Po zebraniu odpowiednich funduszy dokonano zamierzonej transakcji i przekazano kościół i klasztor na własność ówczesnemu arcybiskupowi gnieźnieńsko-poznańskiemu Mieczysławowi Ledóchowskiemu, ten zaś w 1868 r. osadził przy nim franciszkanów (reformatów) z zaleceniem utworzenia w klasztorze domu rekolekcyjnego.
Dzięki ofiarności wiernych, znaczniejszych obywateli miasta i okolicy, a zwłaszcza samego arcybiskupa M. Ledóchowskiego, przeprowadzano kapitalny remont kościoła i wybudowano nowy klasztor. Zakonnicy rozwinęli ożywioną działalność duszpasterską we własnym kościele i okolicy. Niestety, ta działalność została przerwana w 1875 r., kiedy to władze pruskie dokonały ponownej likwidacji życia zakonnego w ramach tzw. walki kulturnej (Kulturkampf). Mimo kasaty w klasztorze przebywało w dalszym ciągu kilku zakonników.
Po odrodzeniu wspomnianej wyżej prowincji w 1923 r. rozpoczęto starania o odzyskanie klasztoru wronieckiego. Zostały one uwieńczone powodzeniem. Powrót franciszkanów nastąpił w 1925 r. W klasztorze urządzono Niższe Seminarium Duchowne (Kolegium Serafickie). Istniało ono tutaj do 1931 r. Następnie urządzono w klasztorze Studium Teologiczne (1932-1939).
W czasie II wojny światowej klasztor poniósł duże straty materialne. Zakonnicy rozproszyli się. Kilku z nich znalazło się w obozach koncentracyjnych w Buchenwaldzie, a następnie w Dachau. Natychmiast po zakończeniu działań wojennych powrócili zakonnicy do klasztoru. Po pożarze, jaki miał miejsce w 1982 r., przeprowadzono gruntowne odnowienie klasztoru.
W okresie powojennym w klasztorze wronieckim przez krótki czas gościło studium teologiczne, następnie zajmowali go żołnierze, po odejściu wojska urządzono internat dla młodzieży Technikum Spożywczego, a na koniec przeniesiono tu Dom Dziecka. Wraz z powstaniem nowej Prowincji z siedzibą w Poznaniu, utworzono tutaj Wyższe Seminarium Duchowne pod wezwaniem bł. Jana Dunsa Szkota.