Die erste geschichtliche Erwähnung des Schlosses Persenbeug findet sich im Jahre 970 n. Chr. Der Bayer Sieghart, Graf zu Semt und Ebersberg, ergriff von „Persinpiugun“ Besitz und befestigte es.
Im Laufe der Jahrhunderte wechselte das Schloss vielfach den Besitzer. Bis 1593 war es zeitweise auch immer wieder im Besitz der Landesfürsten. Dann wurde es an das Geschlecht der Hoyos verkauft, welches das Schloss zu seiner heutigen Form ausbaute. Am 3. Dezember 1800 kaufte Kaiser Franz I. von Ö̈sterreich Schloss und Herrschaft Persenbeug als freien Privatbesitz. Annähernd zum selben Zeitpunkt ging auch die Herrschaft Gutenbrunn in den Besitz Franz I. über, welche auch in seinen Privatfond einverleibt wurde.
Über mehrere Erbgänge kamen die Herrschaften Persenbeug und Gutenbrunn in den Besitz Kaiser Franz Josefs I., der sie im Jahre 1916 an seine Tochter Marie-Valerie weitergab. Einige ihrer Nachkommen bilden die heute bestehende familiäre Miteigentümergemeinschaft.