Margininkuose iki 1871 m. (1866-1871) pastatyta medinė koplyčia. Joje švęsti Šv. Jurgio, Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės ir Angelų Sargų atlaidai. 1924 m. įkurta parapija, koplyčia suremontuota, pertvarkyta į bažnyčią. Kaimo gyventojai parapijai skyrė 10 ha žemės. 1970 m. bažnyčia suremontuota, jos vidų dekoravo vietos menininkė J. Slyvauskaitė. Bažnyčia liaudies architektūros formų, su trisiene apside, šonine zakristija, bokšteliu. Tai vienas darniausių ir originaliausių XIX a. antros pusės liaudiškų sakralinių pastatų. Nedidelės bažnyčios pagrindinis fasadas užsibaigia trapeciniu frontonu ir čiukuro formos stogu. Ant kraigo stypso šešiakampis bokštelis su šalmu. Salinio plano pseudobazilikinės erdvės bažnyčios viduje iki 1962 m. buvo savitas dviejų vargonų choras.
Margininkų bažnyčios medinė varpinė pastatyta pagal klebono P. Marcinkevičiaus projektą. Aukšta medinė varpinė yra gerų proporcijų. Ji susideda iš trijų tarpsnių. Panašaus tūrio varpinės Lietuvoje retos.
