L'estació de Puigcerdà (PK 48,6 de la línia Ripoll-Puigcerdà) és una de les més importants de la línia, ja que a més de servir una població de més de 8.800 habitants, és una estació fronterera. El tren va arribar a la capital de la Cerdanya l'any 1922 des de La Molina i es va posar en servei l'enllaç fins a La Tor de Querol l'any 1929. Malgrat tot, fa anys que no arriben trens de la SNCF a la capital de la Cerdanya, realitzant-se tots els canvis entre companyies a La Tor de Querol, que ha assumit totalment el rol d'estació internacional. Així doncs, avui dia a Puigcerdà només s'utilitzen tres vies, dues d'elles amb dues andanes comunicades mitjançant passos a nivell. També disposa de dues vies mortes al costat Ripoll per a l'estacionament de trens. L'edifici de viatgers és de grans dimensions, té dues plantes i es troba a la dreta de les vies. En les plantes superiors s’hi ha fet un hotel recentment. Per protegir els viatgers de la duresa de l'hivern, l'andana principal disposa d'una porxada al llarg de tot l'edifici de viatgers. Encara que no hi arribin trens francesos, l'estació encara disposa de dues vies d'ample internacional teòricament llestes per acollir hipotètics trens d'aquest ample, ja que són vies dotades de catenària amb una andana central. De tota manera, la via està coberta de vegetació i en un estat que fa totalment inviable aquesta opció. Per enllaçar l'andana de les vies d'ample internacional amb l'estació hi havia hagut un pas subterrani que actualment està tapiat. Antigament l'estació havia disposat de moltes més vies, dels dos amples, la majoria de les quals es conserven però ja no estan enllaçades amb les vies generals ni tampoc disposen de catenària.
