Historia zajezdni autobusowej Klonowica rozpoczyna się w roku 1967, kiedy to przy ulicy Sebastiana Klonowica 5 do użytku oddano kompleks obejmujący zajezdnię autobusową, warsztaty tramwajowe oraz budynek biurowy.
Obsługiwała ona lewobrzeże, prawobrzeże oraz część linii do Polic. Ponieważ dojazdy na prawobrzeże były bardzo kosztowne i jednocześnie coraz mniej się opłacały, podjęto decyzję o budowie zajezdni Dąbie, oddanej do użytku w 1978 roku. Wówczas cześć taboru została przekazana z zajezdni Klonowica do zajezdni Dąbie, a zakres obsługiwanych linii zmniejszył się o linie jeżdżące po prawobrzeżu.
W latach 1967-1980 do zajezdni trafiał bardzo różnorodny tabor, między innymi: SAN-y H100, Jelcze 043, Renault PR100, Jelcze PR110, Nysa N501. Ten ostatni z powodu licznych wad fabrycznych i szybkiego zużywania się, nie pojeździł zbyt długo.
Przełom nastąpił w roku 1981, kiedy to w zajezdni przy ulicy Klonowica, pojawiło się 26 sztuk Ikarusów 280. W 1982 nastąpiła kolejna dostawa "ikarów". Tym razem do zajezdni Klonowica przyjechało 35 pojazdów. W roku 1983 miasto zakupiło kolejne 28 sztuk.W roku 1984 zakupiono następne 13 sztuk Ikarusów 280. Na 102 pojazdach zakończyła się pierwsza seria dostaw węgierskich pojazdów
Trwały także dostawy Ikarusów 280 do zajezdni Dąbie i Police. W roku 1986 zaczęły się dostawy pierwszych Jelczy M11. Wtedy do inwentarza dopisano 3 pojazdy. Rok 1987 i 1988 to lata największych dostaw Jelczy M11 – w 1987 roku przyjechało 12 pojazdów, a w roku 1988 aż 15. W roku 1989 zakupiono 3 Jelcze L11 (jeden z nich po zaledwie 13 miesięcznej eksploatacji trafił do Świnoujścia), 3 Jelcze M11 i 5 Ikarusów 280. Rok 1990 to kontynuacja dostaw z lat poprzednich – zakupiono 13 Ikarusów 280 i 6 Jelczy M11. Co ciekawe, kiedy jeszcze eksploatowane były Jelcze z 1986 i 1988 roku, wszystkie Jelcze M11 z 1990 roku zostały zezłomowane. W 1992 roku dostarczono 2 wyremontowane Ikarusy kupione z "Kapeny". Po tych dostawach można powiedzieć, że na tych 161 pojazdach zakończyła się pierwsza era dostaw pojazdów do zajezdni Klonowica, bowiem zakończyły się dostawy pojazdów serii Ikarus 280 i Jelcz M11.
Do roku 1994 transport na lewobrzeżu, (podobnie jak na prawobrzeżu i Policach) opierał się głównie na pojazdach z lat 1981-1992 – Ikarusach i Jelczach. Zajezdnia Klonowica obsługiwała linie jeżdżące po lewobrzeżu, a także część linii do Polic i na prawobrzeże.
Dynamiczny rozwój miasta i braki taborowe w pojazdach solowych sprawiły, że w 1994 roku miasto zakupiło kolejne 16 pojazdów - tym razem wybór padł na Jelcze 120M. Jednak i to nie wystarczyło. Kiedy najstarsze Ikarusy zostały już sprzedane, bądź zezłomowane, powstawały braki taborowe. Potrzebne były nowe 18-metrowe pojazdy. Miasto zorganizowało konkurs, do którego stanęły m.in. Volvo oraz Jelcz. Wybrano ofertę pierwszego koncernu, którą głośno oprotestował oponent, który w zbliżonej cenie oferował pojazdy z obniżoną podłogą w pierwszym członie. Jeszcze pod koniec 1994 roku pierwsze 19 z 40 pojazdów trafiło do zajezdni Klonowica, by w 1995 roku rozpocząć służbę liniową. 2 lata później brak pojazdów do obsługi mniej zatłoczonych linii dziennych i linii nocnych sprawił, że konieczny był zakup mikrobusów. W 1996 i 1997 roku zakupiono Autosany H6. Najpierw 4 sztuki dla zajezdni Dąbie, a później 4 dla zajezdni Klonowica, ostatecznie jednak w 1998 roku wszystkie Autosany przekazano zajezdni z lewobrzeża, gdzie stacjonują do dziś.
Do 1997 roku między zajezdniami szczecińskimi, a policką przekazywano tabor, w miarę potrzeb. Po wydzieleniu SPPK ze struktur MZK w lutym 1997 roku oraz spółek autobusowych w listopadzie 1999 roku - takiej możliwości już nie ma. Powstało nowe przedsiębiorstwo - Szczecińskie Przedsiębiorstwo Autobusowe Klonowica sp. z o. o.
W 2002 roku, kiedy skasowana była już część Jelczy M11, a pozostały już tylko Ikarusy z końcowych lat dostaw, znowu zaczęły się braki taborowe. Pod koniec roku 2002, w przetargu zorganizowanym wspólnie z SPA Dąbie, zakupiono 10 sztuk (po 5 dla każdej z zajezdni) autobusów MAN NL223 - pierwszych niskopodłogowych autobusów w historii SPA Klonowica oznaczonych numerami od 1201 do 1205. W 2004 roku, z wypracowanych środków zakupiono kolejne 2 autobusy 12-metrowe MAN NL283. Są to do tej pory ostatnie fabrycznie nowe pojazdy zakupione przez SPAK.
Pogarszający się stan pojazdów, brak dofinansowania ze strony miasta i niskie stawki za wozokilometr sprawiły, że kierownictwo zajezdni było zmuszone szukać rozwiązania w pojazdach używanych sprowadzanych zza zachodniej granicy. W sierpniu 2005 roku zakupiono 5 MAN-ów NL202/262 wyprodukowanych w 1997 roku, jeżdżących niegdyś w BVG Berlin (numery od 1701 do 1705). Na linie wyjechały one jeszcze w żółto-szarych barwach berlińskich, jednak były one stopniowo przemalowywane w barwy miejskie. Następnymi sprowadzonymi z zachodu pojazdami były Volvo B10L-SN12, także z BVG Berlin i także z 1997 roku. Podobnie jak wcześniejsze "używki", na linie wyjechały nie przemalowane w barwy szczecińskie. Dopiero po kilku tygodniach stopniowo zaczęto je przemalowywać w barwy miejskie. Przez zakup tych pojazdów można było skasować część najbardziej wyeksploatowanych Jelczy M11. Jednak i to nie wystarczyło, aby zapełnić braki taborowe. Jakieś pojazdy musiały zastąpić równie zużyte jak Jelcze Ikarusy 280. Kondycja finansowa firmy nie pozwalała na zakup nowych pojazdów, więc znowu postawiono na używane pojazdy zza zachodniej granicy.
Mimo to SPA Klonowica nadal szukało dobrych pojazdów używanych. Znaleziono 2 MAN-y NL202 wyprodukowane w 1994 roku pochodzące z Leverkusen. Oba weszły do eksploatacji w marcu 2007 roku. Nie zostały przemalowane w barwy miejskie – na ich barwy nalepiono reklamy. Jeszcze i to nie wystarczyło, aby całkowicie wycofać Jelcze M11. Pojawiały się one sporadycznie najczęściej na szczytowych brygadach linii 63. Kiedy 22 czerwca do eksploatacji wszedł ostatni jak do tej pory autobus używany – MAN NL202 1801 jeżdżący kiedyś w Itzehoe. Jelcze praktyczne przestały pojawiać się na liniach. Pozostały tylko dwa najlepsze wozy, ale wiadomo było, że i ich eksploatacja dobiegnie końca w najbliższym czasie. Tak też się stało 26 czerwca 2007 roku, kiedy ostatnie dwa Jelcze M11 wyjechały na linie z zajezdni Klonowica. Po zjeździe zostały zdekompletowane i sprzedane do Włocławka na kasację.
Wycofano także Jelcza L11 150. Oba typy na zajezdni Klonowica stacjonowały przez ponad 21 lat. SPAK jako pierwszy całkowicie wykluczył te hybrydowe polsko-węgierskie autobusy ze swojego parku taborowego. Także stan Jelczy 120M, zaczyna się pogarszać. Jeden z nich jest już przygotowywany do kasacji. Stan Volvo B10MA nie jest lepszy. Ikarusy są już w stanie agonalnym (za wyjątkiem kilku wyremontowanych w zakładach "Kapeny" sztuk, których stan jest "zaledwie" bardzo zły) i planuje się ich całkowite wycofanie w 2008 roku.
28 stycznia 2008 roku Rada Miasta podwyższyła kapitał zakładowy spółki SPA Klonowica o 4 miliony złotych. Pieniądze zostały przeznaczone na zakup nowych autobusów: 4 autobusy niskopodłogowe Solaris Urbino 18, 31 lipca został wyłoniony dostawca 10 autobusów niskopodłogowych w formie leasingu finansowego.
19 lutego 2009 roku dostarczono 10 autobusów niskopodłogowych w tym 5 sztuk Solarisów Urbino 18 i 5 sztuk Solarisów Urbino 12. Jednocześnie w tym samym czasie przyjechały 2 MAN-y NL262.
W dniu 4 lutego 2010 roku przyjechały nowe "jamniki" niskopodłogowe autobusy Solaris Urbino 18 zamówione w roku 2009.
Na pokładzie autobusów znajduje się klimatyzacja i monitoring. Siedzenia dla pasażerów są już w barwach pływających ogrodów a poręcze w kolorze seledynowym. Autobusy wyposażono w tablice elektroniczne, automatyczny system gaszenia pożaru w komorze silnika, rampę ułatwiającą wejście i wyjście osobom niepełnosprawnym. Silniki autobusów spełniają wszystkie europejskie wymogi a nawet je przewyższają (obecnie obowiązująca norma to Euro5). Wysłano je na trasy w dniach 8 i 9 lutego. 30 marca 2010 roku opuściły macierzystą zajezdnie trzy pierwsze autobusy marki Volvo B10MA, przeznaczone do sprzedaży z partii 8 sztuk. 10 września 2010 roku przyjechały na Klonowica 2 autobusy SU 10 i 8 autobusów przegubowych niskopodłogowych Wszystkie wyposażone w automaty biletowe.
W dniach 4-5 maja 2011 roku dotarły na teren zajezdni autobusy marki Solaris w ilości 10 sztuk solówki i 4 sztuki przegubowe. Na pokładach tych autobusów znajduje się klimatyzacja, monitoring, automat do sprzedaży biletów oraz z przodu i tyłu pojazdu zamontowane są elektroniczne tablice z tzw. minutowym termometrem przystankowym firmy Pixel z Bydgoszczy (Solaris Urbino 18), a w solówkach tylko z przodu pojazdu. Zamontowano również dwie tablice z przodu (nad pierwszymi drzwiami) i z tyłu (pomiędzy 3 i 4 drzwiami) pojazdu informujące na jakiej linii pojazd jeździ - tylko w przegubach. Pojazdy spełniają rygorystyczne normy emisji spalin. Nowe autobusy zastąpią te najbardziej wysłużone. Wyjechały na trasy 19 maja 2011 roku.
W dniu 12 czerwca 2012 roku dotarło 8 autobusó marki Solaris z przetargu ogłoszonego w listopadzie 2011 roku. We wszystkich zamówionych autobusach zamontowano stojaki na rowery przy automacie do sprzedaży biletów.
W lipcu 2012 roku spółka autobusowa sprzedała 4 wysłużone autobusy marki VOLVO typ B10MA z 1995 roku, które po Szczecinie jeździły od 17 lat. Również 11 lipca sprzedano 4 autobusy marki VOLVO typu B10L z 1997 roku zakupione w Berlinie.
Stan taboru na 9 sierpnia 2012 roku w zajezdni Klonowica wynosił 100 autobusów różnych marek tj. MAN NL-202, MAN NL-223, MAN NL-262, MAN NL-283, Volvo B10M, Jelcz 120MM/1, Autosan H6, Solaris Urbino 10, Solaris Urbino 12, Solaris Urbino 18.
W dniu 21 czerwca 2013 roku zajezdnię Klonowica opuścił ostatni JELCZ 120MM/1.
We wrześniu 2013 roku na Klonowica dotarły 4zakupione przez spółkę autobusy: MAN .
Stan taboru na 8 listopada 2013 roku w zajezdni Klonowica wynosił 101 autobusów różnych marek tj. MAN NL-202, MAN NL-223, MAN NL-262, MAN NL-283, Volvo B10M, Solaris Urbino 10, Solaris Urbino 12, Solaris Urbino 18.
W dniu 29 stycznia 2014 roku spółka autobusowa przekazała w formie darowizny do Muzeum Techniki i Komunikacji przy ulicy Niemierzyńskiej w Szczecinie ostatni z ośmiu małych autobusów (Autosam H6-20.03 ) o numerze bocznych 1742.
7 marca 2014 oku na teren zajezdni Klonowica przyjechał pierwszy z pięciu niskopodłogowych, przegubowych autobusów czwartej generacji MAN Lions City NG 313 (A23) zakupionych przez spółkę na Klonowica. Autobusy wyprodukowano w 2005 roku. Poprzednim użytkownikiem pojazdów była firma komunikacyjna w Geteborgu w Szwecji. Pozostała czwórka przyjechała na teren zajezdni pod koniec marca.
Stan taboru na 27 marca 2014 roku w zajezdni Klonowica wynosił 100 autobusów różnych marek tj. MAN NL-202, MAN NL-223, MAN NL-262, MAN NL-283, MAN NG-313, MAN NG-363, Volvo B10M, Solaris Urbino 10, Solaris Urbino 12, Solaris Urbino 18.