En el sitio que ocupa este edificio estuvo situado un templo romano, el cual estaba consagrado a las ninfas de las aguas, pues en ese sitio existía una fuente de aguas medicinales, la cual fue aterrada hace varios siglos. Así mismo otra versión dice que estaba consagrado a Cibeles o a Berecintia, las cuales eran diosas romanas, y que se construyó en la época del emperador Constantino. Hasta el año 324, que fue expurgada de los dioses paganos y dedicada al culto cristiano.
En la segunda mitad del siglo XIII, la comunidad religiosa de Monjas Bernardas Recoletas se trasladó a este edificio. Era de estilo ojival, del primer periodo, y lo construyó el maestro cantero Pedro Enrique, en el año 1.300 aprovechando parte de la construcción allí existente. Las Monjas Bernardas abandonaron este convento en la primera mitad del siglo XV. El convento quedó a cargo de los frailes Cistercienses del Monasterio de Valparaiso. Aunque muy deteriorado, todavía se puede ver algo de lo que fue el segundo convento.
Este convento quedó reducido a una simple ermita llamada de Fuentidueñas, la cual debido a su situación, fue refugio de maleantes y vagabundos en diferentes periodos de la historia. En el año 1.811 los franceses destruyeron esta ermita.
En el año 1.967 el profesor José María Blázquez, realizo unas prospecciones arqueológicas en este asentamiento. Confirmando que fue un templo romano, datando su construcción en el siglo I. Del estado de conservación dice que es excelente, salvo la falta de tejado, que sería a dos aguas. El edificio está asentado sobre un podium y sin pronaos. La puerta de acceso se halla situada al norte y tendría seguramente escalones. En la pared oeste, hay una segunda puerta, con arco, que está datada en el siglo XV.
Este edificio romano, lo cita Ceán Bermudez, y también Viu, ambos refiriéndose a la ermita de Fuentes Dueñas, confirmando que se adiciono un cuerpo al edificio para convertirlo en ermita en la Edad Media. Citan los dos una lápida que había en las gradas del altar con la inscripción,”…Sarco (…..s. Pater) C……”, que piensan que perteneció a un sarcófago, y que ya no existe.
En 1971 tenía ermitaño y era comendador el Marqués de San Andrés. Cuando se dejó el culto en esta ermita, se trasladaron las imágenes y ornamentos a la ermita de San Lázaro. Entre las imágenes que se trasladaron había una con la advocación de Nuestra Señora de Fuentidueñas, la cual se puso en uno de los altares laterales de la ermita de San Lázaro. Desde hace varios años esta imagen está en la iglesia de San Nicolás.
En esta ermita estaba la imagen de Santa Escolástica, la cual tuvo mucha devoción en la ciudad, y se la sacaba en procesión desde su ermita a la ciudad en rogativas para pedir la lluvia.
El pueblo de Malpartida solía venir también en rogativa hasta uno de los cerros cercanos a la ermita, una vez allí se rezaba el Rosario. Después retrocedían hasta el valle de San Esteban donde celebraban la comida y por la tarde regresaban todos al pueblo.
Vista de la ciudad desde el paraje.