Kościół został zbudowany w latach 1922-25, w miejscu poprzedniego kościoła z połowy XIX w., który uległ zniszczeniu podczas I wojny światowej. Także w okresie działań wojennych okresu okupacji hitlerowskiej kościół mocno ucierpiał, a jego oryginalne wyposażenie zostało zniszczone. Przez pewien czas znajdował się tu nawet magazyn i stajnia.
Odnowienia świątyni podjęli się Kanonicy Regularni Laterańscy, którzy przybyli do Ełku z Krakowa w 1945 roku. Naprawiony został chór, ławki, posadzka. Ołtarz główny przeszedł gruntowny remont; do kościoła wstawiono także dwa prowizoryczne ołtarze boczne. Krakowscy Kanonicy ofiarowali też kościołowi w Ełku obraz Serca Pana Jezusa, który umieszczony został w ołtarzu głównym. Obecnie ołtarz ten, wraz z obrazem, znajduje się w kościele parafialnym w Klusach. Tuż po objęciu placówki przez Kanoników, kościół został oddany w opiekę Najświętszemu Sercu Pana Jezusa.
Kesz jest ukryty pod pobliskim Zespoem Szkół Mechaniczno - Elektrycznych.
Proszę o dokładne ukrywanie i upewnienie się, ze jest niewidoczny!