Az 1896-ban alapított Rákosliget eleinte közigazgatásilag Rákoskeresztúrhoz, egyházilag Rákoscsabához tartozott. Lakói rövid időn belül saját templomot szerettek volna, ezért 1903-ban templomépítő bizottságot alakítottak. 1910-ben megvásárolták a lelkészlakot, majd a következő évben a községtől megkapták a telep központi terét az építkezésére. 1913. november 1-jén fogadták el Stanek Pál építész terveit.
Az alapkőletételre 1914. május 1-én került sor, a felszentelést 1915. augusztus 15-én, Nagyboldogasszony ünnepén Varázséji Béla prépost, újpesti plébános végezte.
A templom épületét 1936-ban Kiss Barnabás tervei szerinti kereszthajóval és két oldalkápolnával, valamint a torony melletti két lépcsőtoronnyal bővítették. 1952-ben idehozták a lazarista rend budai kápolnájának oltárát, ami a templom főoltára lett.
A plébánia az 1993-as egyházmegyei határrendezés során a Váci egyházmegyétől az Esztergom-Budapesti főegyházmegyéhez került.
Fach Károly rákosligeti munkásságát megtisztelve a templomot is az ő védőszentje, Borromei Szent Károly tiszteletére szentelték. 1952-ben Szent István lett az új védőszentje a templomnak, majd ezt 1992-ben Magyarok Nagyasszonyára változtatták.