Il paese sorge sulle pendici del Monte Costolone che qui scende a picco sul lago. Il toponimo denota la data della sua fondazione risalente all'epoca Romana, quando Giulio Cesare volle che la fascia rivierasca del Lario fosse colonizzata da facoltose famiglie agricole provenienti dalla Magna Grecia (Sicilia).
L'abitato risulta diviso dalla Strada Regina che lo attraversa trasversalmente. La zona a monte è caratterizzata da terrazzamenti per rendere possibile la coltivazione del terreno. Colonno conserva ancora la planimetria del borgo medievale con strade strette, case addossate le une alle altre e vicoli che sfociano in piccoli spiazzi a lago.
Nel Medio Evo le sorti del villaggio erano legate a quelle dell'Isola Comacina, tanto che l'attuale chiesa Parrocchiale fu per lungo tempo un semplice Oratorio appartenente a quella Pieve.
La chiesa parrocchiale fu costruita nel 1800 sul luogo dove esisteva, appunto, un oratorio romanico del quale esiste ancora qualche traccia nel campanile ed in alcuni lacerti di affresco sulla parete di fondo del presbiterio, databili tre il 1300 ed il 1400.
Anticamente l'economia del paese si reggeva sul commercio dei prodotti agricoli, della pesca e dall'argilla estratta dal torrente Pessetta per curare i reumatismi che le donne di Colonno trasportavano fino a Como e a Milano. L'abitato è attraversato dal fiume Pessetta e caratteristica è la casa che lo scavalca. Nel 1500 il paese fu infeudato dalla famiglia Alberti di Colico, e nel 1640 diventò parte del marchesato della famiglia Gallio di Como. Dal 1927 al 1950 il paese fu amministrativamente aggregato a Sala Comacina e ad Ossuccio.
Molto caratteristici sono la casa a ponte sopra il torrente Pessetta, a monte, e il Palazzo Pretura con un bel portone del 1500, a lago.