Ses trois clochers romans et le Narthex sont détruits en 1792. Elle devient église paroissale au début du XIXe siècle (en 1798) et est classée monument historique en 1840.
Dans un premier temps, les splendeurs de l'église ne sont pas reconnus au début du XIXe siècle. Le bâtiment disparait derrière un rideau de constructions anarchiques et le sol extérieur s’exhausse de deux mètres à cause de la succession de construction/démolitions qui a fini par enterrer les soubassements.
Plusieurs restaurations furent effectuées aux XIXe et XXe siècles. D’abord de 1846 à 1851, puis de 1892 à 1902 (restaurations de la façade), en 1905 (voûte de la nef) et en 1910 (croisillon nord et reconstitution de la chapelle rayonnante). En 1846, conscient que la ville de Nevers possédait avec l'église Saint-Étienne, un des plus beaux monuments romans, le conseil municipal lança des travaux importants : dégagement du bâtiment, assainissement, restauration du décor d'origine, la toiture reçoit une couverture de tuiles creuses permettant un meilleurs écoulement des eaux pluviales. La sacristie est démolies et le chevet retrouva son harmonie première lors de la reconstruction de la chapelle du croisillon sud.
Malgré ces restaurations, c'est l'un des rares monuments du XIe siècle qui nous soit parvenu sans altération majeure de sa pureté primitive.
En 1974, des fouilles sont faites à la croisée de l’édifice actuel. On a trouvé la substruction de l’église antérieure qui possédait une profonde abside centrale et au moins une absidiole côté nord. On a aussi trouvé quelques sarcophages et une mosaïque avec une représentation de Saint Colomban.
- Ne rien démonter ou déplacer.
- Pas de stylo dans la cache.
- Soyez discret pour la survie de la cache.
- Merci de bien la remettre à sa place intitiale.
- N'oubliez pas de remettre le logbook dans son sac ni de bien refermer la boite pour éviter l'humidité.