Brolis poetas Alfonsas Jakubėnas. 1928 m. baigė Biržų gimnaziją. Besimokydamas organizavo socialistinio jaunimo organizacijos „Žiežirba“ kuopeles Biržų apskrityje, nuo 1925 m. bendradarbiavo „Kultūros“ žurnale. Iki 1937 m. priklausė aušrininkų organizacijai. Nuo 1928 m. Lietuvos universitete studijavo teisę, baigė 2 kursus. 1929 m. gegužės mėn. suimtas ir nuteistas 10 metų kalėti už atentatą prieš ministrą pirmininką Augustiną Voldemarą, kuriame nedalyvavo. 1931 m. paleistas, bet 1933–1935 m. ir 1937 m. vėl kalintas. 1936 m. vėl studijavo Vytauto Didžiojo universitete.
1941 m. dirbo Kaune baldų dirbtuvėje, vokiečių okupacijos pradžioje buvo suimtas nacių. 1942–1943 m. – Alytaus tuberkuliozės sanatorijoje, vėliau slapstėsi, padėjo gelbėti žydus. 1946 m. dėl tariamos antisovietinės agitacijos pašalintas iš LTSR rašytojų sąjungos, suimtas už dalyvavimą pogrindžio veikloje, kalintas Vilniaus kalėjime, nuteistas 5 m. kalėti, išvežtas į Karagandos lagerį. 1947 m. byla nutraukta, jis paleistas, bet kūryba buvo ignoruojama, nespausdinama. Sovietinių saugumiečių tardymo metu mirtinai nukankintas.