Entre los meses de mayo y junio de 1809, durante la guerra de la Independencia, llegaron a Cabrera unos 9.000 prisioneros franceses, procedentes básicamente del ejército napoleónico derrotado en la batalla de Bailén. Durante cinco años Cabrera fue una prisión militar, dura y peculiar por la singularidad de este lugar, pobre y aislado, sin ningún tipo de condiciones de salubridad. La supervivencia fue muy difícil, porque a menudo los alimentos no llegaban a tiempo y los prisioneros se vieron forzados a alimentarse de hierbas, lagartijas o ratas. La única fuente de agua potable de la isla fue del todo insuficiente, además de objeto de disputa y discusiones. En mayo de 1814 liberaron a los supervivientes, que sólo eran 3.600.
Los recuerdos materiales que se conservan de este episodio son escasos. Cerca de Cas Pagès se encuentra una zona arqueológica denominada las “Barracas de los prisioneros napoleónicos”, con restos de diez pequeñas habitaciones que formaron parte del campamento que construyeron los propios reclusos a partir del año 1810. Reutilizaron restos paleocristianos –tardorromanos o bizantinos—, quizá lo que fue un monasterio del siglo VI.