První zmínka o mlýně v Božeticích na Písecku pochází ze druhé poloviny 16. století. Na počátku 20. století mlýn prošel rozsáhlou modernizací, původní dřevěné kolo nahradila turbína. Ve mlýně se mlelo do roku 1945, od 50. let zde mělo skladiště místní JZD. Tomu také odpovídal i stav objektu. Pekárna fungovala do 70. let minulého století, od té doby chátrala. V roce 1990 dostali areál v restituci manželé Dvořákovi, kteří se snažili budovy opravovat. V roce 1998 celý mlýn koupil podnikatel Zdeněk Stejskal. Podařilo se mu opravit střechu a několik dalších nejnutnějších věcí, aby budova nepodléhala zkáze. V roce 2014 byla zahájena fyzická realizace projektu „Vybudování muzea mlynářství — Božetice” za podpory ROP NUTS II Jihozápad, která je spolufinancována Evropskou unií. Projekt se zaměřil na rekonstrukci objektu mlýna do podoby Muzea mlynářství, pekařství a zemědělství. Muzeum bylo slavnostně otevřeno 1. dubna letošního roku.