De Zemelpolder, ook wel (vermoedelijk foutief) Hemelpolder genoemd, werd in 1662 gesticht. De oorsprong van de windbemaling is niet goed bekend. Dat geldt ook de voorganger van de huidige molen (die op 4 november 1999 geheel verwoest werd door brandstichting): vermoedelijk dateerde deze uit de 18e eeuw. Het archief van de Zemelpolder is zeer incompleet en geeft daarom weinig informatie over de het verleden van polder en molen. Van de verbrande molen bleven na de brand slechts de veldmuren over. De vroegere molen was al sinds 1929 buiten bedrijf maar werd door de gemeente Lisse goed onderhouden en draaide regelmatig op vrijwillige basis. Ook diende deze nog als onderdak voor het elektrisch gemaal. Helaas was sinds de jaren '60 de omgeving van de molen drastisch veranderd en lieten bebouwing en begroeiing van de polder weinig over.
Na de brand werden spoedig herstelplannen opgemaakt met als resultaat, dat molenmaker Verbij (zie http://www.verbij.nl/site/molens/nieuwbouw.html?id=86) in de loop van 2003 weer een maalvaardige molen kon opleveren. Nadat de molen op de Nationale Molendag 2003 al had gedraaid, is deze op vrijdag 6 juni 2003 officieel in gebruik genomen. Opvallend is, dat de molen bij de herbouw weer iets groter is geworden. Was de vlucht met de (tweedehands) Potroeden nog 17,90 m.; met de opvolgers werd dat 18,60 m. en de nieuwe molen meet 19,30 m. De na de brand afgekeurde bovenas van de voorganger wordt los naast de molen bewaard. .
