Įsteigta 1919 metais karininkų klubo pastate.
1925 metais buvo pastatyti seminarijos rūmai, sutvarkyta aplinka.
Apie 1930 metus įstaiga tapo viena didžiausių Lietuvoje.
1936 m., nusprendus mokytojus rengti Klaipėdos pedagoginiame institute, Seminarija buvo uždaryta, tačiau 1940 m. ji vėl buvo atkurta.
Sovietmečiu veikė aukštesnioji pedagogikos mokykla.
Dabar jos pastate veikia Marijampolės kolegijos Edukologijos ir socialinio darbo fakultetas. Jis rengia pradinių klasių mokytojus Lietuvos pietvakarių regionui.