Kirken, der er anneks til Kyndby (p. 2705) nævnes tidligst i et brev fra o. 1211—141. Som domprovst fik Jens Grand 1288 på livstid tienden af sognet2 . Før 1456 må Krogstrup kirkeby være lagt øde3 ; dog eksisterede præstegården og degneboligen endnu i nævnte år, mens byens jorder tilhørte Svanholm gods. Endnu 15674 lå kirken under Svanholm, hvis ejer Peder Bille havde patronatsret (jfr. stolestader p. 2745). Sognet talte da 25 tiendeydere, men det nævnes nu udtrykkeligt, at der ingen præstegård fandtes. Kirken må kort herefter være kommet under kronen: 15695 tilfaldt kongetienden Universitetets studenter, 1606 gjorde kongen indsigelse mod den fortsatte Dionysiuskult, som en reformatorisk øvrighed ikke kunne tolerere (jfr. p. 2739), og 1613 drog kronen omsorg for, at bl. a. kirkens tårn restaureredes (jfr. p. 2733). Endelig vidner lensmandens våben på prædikestol (1626) og altertavle (1633) om det kongelige tilhørsforhold, der lige som i Kyndby ophørte 1673.