Il Santuario fu eretto nella prima metà del XII secolo nel luogo dove, nel 1102, erano stati sepolti Gerardo ed i suoi compagni Stefano e Pietro in pellegrinaggio verso la Terra Santa.
La notizia più antica della chiesa risale al 1259 ed è contenuta in un testamento conservato a Montecassino, con il quale Fra Rainaldo, eremita di San Gerardo, detta le sue ultime volontà in relazione ai propri beni.
Il lunedì di Pasqua si festeggia invece la traslazione del suo corpo nella chiesa maggiore. John Gerard, nel 1608, donò il braccio d’argento che ancor oggi racchiude la reliquia.
Nel 1685, in occasione dei lavori di riparazione dell’altare, furono ritrovate al suo interno le ossa di Gerardo, Stefano e Pietro. Le reliquie furono esaminate da una commissione medica nominata dal Vescovo Guzzoni e, riconosciute appartenenti ai tre pellegrini e ne fu autorizzata la venerazione.
Le reliquie poste in tre urne furono collocate in tre nicchie scavate nella parete retrostante l’altare principale della chiesa di San Giovanni.