Na początku 1942 roku pojawiły się kłopoty z uzyskaniem wolnych miejsc na cmentarzu. Zarząd Miasta zaproponował więc poszerzenie dzia- łającego cmentarza i dodatkowo urządzenie nowego przy ul. Janowskiej, na miejscu dawnego cmentarza epidemicznego. Powierzchnia tego terenu wynosiła ok. 5,5 ha.12 Nie było to jednak dobre miejsce ze względu na położenie daleko poza terenem miasta.
Czas jednak naglił, a innej lokalizacji nie znaleziono. 28 czerwca 1942 roku dziekan siedlecki, ks. Józef Kobyliński, poświęcił więc teren przy ul. Janowskiej. Oficjalnie cmentarz czynny był od 1 lipca 1942 roku.13 Ponieważ nowy cmentarz nie leżał na terenie parafii katedralnej, konieczna stała się zmiana formy nadzoru nad cmentarzami. Dekretem z 10 lipca 1942 roku biskup ustanowił nowy skład Zarządu Cmentarzy. Od tej pory stanowić go mieli: miejscowy ksiądz dziekan jako przewodniczący, proboszcz parafii katedralnej i proboszcz parafii Opieki Świętego Józefa jako członkowie oraz kierownik kancelarii cmentarnej jako sekretarz. Przewodniczący Zarządu sprawować miał ogólny nadzór nad cmentarzami. Oba cmentarze przy ul. Cmentarnej powierzono kierownictwu proboszcza parafii katedralnej. Cmentarz przy ul. Janowskiej - księdzu proboszczowi parafii Opieki Świętego Józefa. Im podlegali pracownicy cmentarni. Kancelaria ogólna nadal mieściła się przy ul. Cmentarnej. Jedynie roczne rozliczenia robione miały być oddzielnie.14 W tym czasie proboszczem parafii katedralnej był już ks. Roman Wilde i to on wszedł do Zarządu Cmentarzy. Pierwsze posiedzenie nowego Zarządu Cmentarzy odbyło się 29 września 1942 roku.
Okazało się, że stary cmentarz ma nadwyżkę dochodów, podczas gdy nowy ma ciągle niedobór. Spowodowane było to głównie niechęcią wiernych do pochówku na cmentarzu przy ul. Janowskiej, ponieważ nie miał on prestiżu i oddalony był od miasta. Nagminnie wykupywano place na starym cmentarzu. Zachodziła obawa, że zabraknie miejsc dla osób znanych i zasłużonych. Między innymi dlatego podniesiono tam opłaty. Pomogło jednak dopiero powtórne ich podwyższenie.15 Pojawił się nawet projekt uruchomienia zamkniętego od pół wieku cmentarza przy ul. Cmentarnej 4 po oczyszczeniu go z chwastów i wykarczowaniu. Szybko jednak odstąpiono od tego pomysłu.
W lipcu 1944 roku, przez dziesięć dni, Siedlce ostrzeliwane były przez artylerię radziecką. Tym razem ucierpiał również cmentarz. Spłonął budynek gospodarczy wraz z podstawowymi narzędziami. Znacznie uszkodzony był budynek administracyjny. Mur okalający cmentarz został w siedmiu miejscach zburzony przez rozrywające się pociski. Zniszczona została też cmentarna kaplica i przylegająca do niej kostnica. Wypadły wszystkie szyby, zgruchotana została konstrukcja dachowa, a w ścianach pozostały dwa duże wyłomy. Trudno było wprost policzyć zniszczone drzewa i pomniki nagrobne. Ogólnie straty oszacowano na 357 tysięcy złotych16 .
Reasumując, okres wojny wpłynął niekorzystnie na sytuację cmentarza głównie poprzez ciężką sytuację finansową. Groby były okradane, a grabarze imali się różnych dodatkowych zajęć, zaniedbując swoje obowiązki. Zniechęcony i bezradny Józef Hakowski ustąpił ze stanowiska gospodarza cmentarza i szefa kancelarii. Jego miejsce 7 stycznia 1946 roku zajął Kazimierz Śniechowski. Nie była to jedyna zmiana, jaka dotknęła nie tylko zresztą cmentarz. Zwiastunem tych zmian było zdewastowanie cmentarza przy ul. Janowskiej przez żołnierzy radzieckich w grudniu 1944 roku.