La estación de Guadalajara ese encuentra en el trazado de la línea clásica que une Madrid con Barcelona. La actual, que cuenta con alta velocidad, se encuentra a 8 kilómetros y se conoce como Guadalajara-Yebes. No existe conexión ferroviaria entre ambas.
Dispone de servicios de larga y Media Distancia. Pero sobretodo es usada por ser parte de la línea C-2 de Cercanías de Madrid (aquí acaba esa línea)