Zur Herkunft des Jokers und seinem bürgerlichen Namen gibt es keine einheitliche Version. Einige jüngere Batman-Geschichten, die nach der 1989er Kinoverfilmung entstanden, in welcher dem Joker der bürgerliche NameJack Napier gegeben wurde, greifen Jack als seinen Vornamen auf, lassen dabei jedoch seinen Nachnamen offen. In den meisten Geschichten werden die Bezüge auf seinen wahren Namen jedoch einfach ausgelassen.
Die Entstehung des Schurken Joker mit dem charakteristischen Aussehen wird meistens auf einen Unfall zurückgeführt, bei dem er in einen Behälter mit Chemikalien gefallen ist, wodurch seine Haut ausbleichte, seine Haare und Lippen sich grün bzw. rot verfärbten und sich seine Gesichtszüge zu einem ewigen Grinsen verformten. Erstmals wurde die Ursprungsgeschichte 1951, rund elf Jahre nach dem ersten Auftreten des Jokers, in Detective-Comics-Ausgabe 168 geschildert.
Eine zweite Ursprungsgeschichte basiert darauf, dass der Joker und seine Mutter in der Kindheit des Joker vom Vater des Öfteren misshandelt wurden. Eines Tages befindet sich der Vater wiederholt in einem solchen Wutanfall und tötet die Mutter des Joker mit einem Messer. Nach dieser Tat dreht sich der Vater um und schaut seinem weinenden Sohn ins Gesicht und fragt warum dieser denn so traurig gucke. Danach geht er auf ihn zu und schneidet ihm das Grinsen des Jokers ins Gesicht, indem er in die jeweils Rechte und linke Wange des Jungen schneidet. Dies lässt den Joker zu einem Psychopathen werden. Die grünen Haare, den roten Mund und das weiße Gesicht setzt er durch Schminke auf.
Als eine der grundlegenden Ursprungsgeschichten wird das Graphic Novel Batman: Lächeln, bitte! (engl: Batman: The Killing Joke) angesehen. Hier bricht der Joker aus Arkham Asylum aus und man sieht in mehreren Rückblenden seine Geschichte. Der Joker war ein schlechter Comedian, der sich auf einen Einbruch in einer Chemiefabrik einließ. Er trägt eine rote Maske, wodurch er für das GCPD als Rädelsführer dasteht. Da er durch die Maske nicht gut sehen konnte und durch das Erscheinen Batmans gehetzt wurde, stolpert er in ein Chemikalienbad. Nachdem er aus dem Bad steigt und seine Maske abnimmt, spiegelt sich sein weißes Gesicht mit den roten Lippen in einer Pfütze. Er fängt daraufhin an hemmungslos zu lachen. Diese Ursprungsgeschichte zeigt, wie sehr Batman und der Joker miteinander verknüpft sind