Conçu par l'architecte Jacques Rougerie, il a ouvert ses portes en 1990.
Le but premier était d'offrir une vitrine aux sciences de la mer à travers le pavillon tempéré dont la forme évoque celle d'un crabe. Brest rassemble en effet 60 % de la recherche européenne sur la mer.
Entièrement réaménagé en 2000 avec l'ajout des pavillons polaire et tropical, il propose une approche scientifique du milieu marin dans sa globalité.
En plus de la cinquantaine d'aquariums de 50 à 1 000 000 litres, différents supports (vidéo, bornes interactives, panneaux...) apportent des informations complémentaires sur la biologie des espèces, la protection des milieux, le fonctionnement des écosystèmes.
