Narodil sa v rodine evanjelického farára Adama Chalupku a vzdelanie získaval u otca, neskôr navštevoval gymnázium v Gemeri a od roku 1822 študoval na lýceu v Kežmarku. Od roku 1824 študoval v Rožňave, od roku 1827 na bratislavskom lýceu filozofiu a teológiu, kde v 1829 patril k iniciátorom vzniku Spoločnosti českoslovanskej, neskoršieho ohniska štúrovcov. Chalupka pôsobil spočiatku ako knihovník, neskôr sa stal podpredsedom tejto spoločnosti. Členovia spoločnosti sa nevenovali len literatúre, ale zaujímali sa i o dejiny, osud národov a ich zápas za slobodu. Preto sa po vypuknutí povstania poľskej šľachty v roku 1830 vydal do Poľska ako dobrovoľník a v nasledujúcom roku bol zranený v bojoch pri Haliči. Po uzdravení pôsobil najprv ako vychovávateľ v Demänovej, no už v roku 1833 pokračoval v štúdiu na evanjelickej teologickej fakulte vo Viedni. V roku 1834 pôsobil ako evanjelický kaplán v Chyžnom, 1836 farár v Gemerských Tepliciach a po otcovej smrti v roku 1840 zaujal jeho miesto v rodnej Hornej Lehote, kde pôsobil až do svojej smrti.