Seniūnija ribojasi su Akmenės rajono Kruopių seniūnija, Šiaulių rajono Šakynos seniūnija ir Žagarės seniūnija bei Latvijos Respublika.
Į seniūnijos teritoriją įeina Mūšos tyrelio telmologinis draustinis su 15,9 ha ledo guolio Miknaičių ežeru. Dalis teritorijos priklauso Žagarės regioniniam parkui. Pusę seniūnijos teritorijos užima miškai. Juodeikiuose stovi paminklas LDK kunigaikščiui Vytautui, įrengtas muziejus Tėvui Stanislovui (kun. Mykolas Dobravolskis).
Skirtingai nei visoje Joniškio rajono savivaldybės teritorijoje, Gaižaičių seniūnijos žemės nederlingos, akmenuotos.
> 