Der Ort Malgersdorf wurde erstmals 1135 urkundlich erwähnt. Sein Besitz wechselte mehrmals unter verschiedenen Adelsgeschlechtern. Der erste Besitzer und zugleich Namensgeber der Hofmark Malgersdorf war "Mengenhardus Madegeresdorf". Danach residierten lange Zeit die Visler, zu Beginn des 17. Jh. die Leoprechtinger, ab dem Ende des 30-jährigen Krieges das Adelsgeschlecht von Trauner-Neudegg und ab 1736 die Tattenbacher. Von diesen übernahmen 1825 die Grafen Arco-Valley die Liegenschaften. Als 1848 in Bayern die Hofmarkrechte aufgelöst wurden, enstand die Gemeinde Malgersdorf.
Aber nicht nur ruhige Zeiten hatte Malgersdorf zu durchleben. Von den Wirren des 30-jährigen Krieges bis zum zweiten Weltkrieg hatten die Menschen des öfteren unter Unruhen und kriegerischen Auseinandersetzungen zu leiden.