L'Origine de l'église Saint Léger remonte au XIIème siècle, et sa fondation est peut-être liée à l'abbaye de Masevaux, propriétaire de biens à Rixheim, elle-même placée sous le patronage de Saint Léger.
Au Moyen-Age, l'édifice s'intégrait dans un ensemble fortifié, comprenant le cimetière entouré d'une enceinte et le clocher, avec meurtrières. L'église fut remaniée au début du XVIème siècle, comme en témoigne le deuxième étage du clocher. En 1781, des travaux furent entrpris par l'architecte François Antoine Zeller dans cette église devenue trop petite et en mauvais état. Le choeur et la nef furent reconstruits et le clocher fut à nouveau surélevé. L'édifice rénové fut consacré le 22 septembre 1786 par l'évêque de Bâle, Joseph de Roggenbach. En 1895, l'industriel Ivan Zuber, fit don d'une horloge qui resta en fonction jusqu'en 1969, où elle fut remplacée par un mécanisme éléctrique.