The community was formed in 1938 by a core group of religious Bnei-Akiva members from Jerusalem. They began agricultural training in Menahemia, in the Jordan Valley. In 1944 they moved to a tract of swampy Malaria infested land, and lived in barracks without electricity or running water, After the 1948 war, they were moved to Welhelma, and in 1953 they moved to this location.
נחלים הוא מושב דתי השייך למועצה האזורית חבל מודיעין (אין כניסה בשבתות עם רכב)
ב-1934 התארגנה קבוצה של צעירים, חברי הפועל המזרחי, והקימו אירגון התיישבות דתי-חקלאי
בשם ירושלים. הנסיון לרכוש אדמה בכפר בידו נכשל. חלק מהקבוצה נשלחו למנחמיה להכשרה חקלאית
פה הם נוצלו בתנאי שכר נמוכים במשך ארבע שנים. בשנת 1943 עלו על הקרקע בצפון
עמק החולה ליד הכפר הערבי חסס, שטח מלא מים בוץ ויתושים, והקימו את הישוב הדתי הראשון בגליל העליון
.הישובים היהודים בסביבה התנגדו לתת להם מאדמתם. הקיבוצים דן דפנה התנגדו להם
ב-1948 פונו ועברו למושבת הטמפלרים וילהלמה. הצטרפו אליהם מפונינווה, יעקב ובארות יצחק ב-1952 עברו
למשכנם הנוכחי, כל משפחה קיבלה מבנה לשני חדרים ו-25 דונם. נבנה בית כנסת
מפואר. ב-68 הרב נחלים לוינגר עבר לחברון כדי לחדש את הישוב היהודי שנעזב ב-1929
תושבי הישוב שהתחיל כחקלאי, אינם עוסקים היום בחקלאות. במקום, יש ישיבת נחלים, משתלה, ישיבה תיכונית
יבואן ויצרן סוכות מוכנות, תעשייה זעירה, ומחלבות. במקום המשתלה הראשונה של חישתיל