Budynek powstał w 1912 roku jako zbór dla ludności niemieckiej, wyznania protestanckiego, która zamieszkiwała Janikowo. Po II wojnie światowej budynek przestał pełnić funkcje sakralne i przekształcono go w magazyn. W latach późniejszych zbór popadł w ruinę. Tutaj do 1945 roku, znajdowały się oryginalnie organy, które obecnie znajdują się w kościele św. Jana Chrzciciela w Janikowie. Dopiero w 2007 roku budynek przejął Kościół Ewangelicznych Chrześcijan w RP, który dzięki sponsorom (również z zagranicy) wyremontował budynek i doprowadził go do pierwotnego stanu. Obecnie jest w pełni używany do celów sakralnych przez wiernych wyznania protestanckiego.