Une première chapelle est construite à Bras-Panon en 1840, le village est à cette époque dépendant de Saint-Benoît.
La paroisse de Bras-Panon est crée en 1850, son premier curé résident est le Père Hersent. La première chapelle est Détruite par un cyclone, elle est remplacée par une église en bois est placée sous le vocable de Saint-Jean-Baptiste par décret du 13 décembre 1852.
En 1853, Monseigneur Desprez évêque de la Réunion, en séjour à Rome, obtient une relique de Saint-Jean Baptiste pour l'église de Bras-Panon.
En 1863, l'église en bois est remplacée par une église en pierre et en maçonnerie, en 1885 elle est dotée d’une cloche par l’initiative du maire de la ville, Rivière de Chazalon, et en 1891 d’une orgue par la paroisse. Après avoir été touchée par le cyclone Jenny, l’église est restaurée et reste en service jusqu’en 1975, date de sa désaffection. L'église aujourd'hui est reconvertie en galerie artisanale.
Devenue trop exiguë, une nouvelle église, juxtaposée à l'ancienne est construite grâce à l'ingéniosité du Père Havette et la générosité des paroissiens.
Depuis, la nouvelle église a également profité de quelques rénovations. Ainsi en janvier 2007, les nouvelles cloches retentissent après quinze années de silence.
Le parvis est également refait et en août 2008, l'évêque de la Réunion, Monseigneur Gilbert Aubry bénit le chemin du baptême, symbolisé par 4 statues représentant les catéchumènes à la rencontre de Saint Jean Baptiste. Une oeuvre en basalte signée Dolène Curtis-Furma.
La cache se trouve sur le côté gauche de l'église quand vous vous trouvez en face d'elle.