Geneza powstania Parafii Miłosierdzia Bożego związana jest z dynamicznym rozwojem Ząbek w latach 60 i 70 ubiegłego wieku oraz wynikającą stąd potrzebą powołania do istnienia kolejnego ośrodka duszpasterskiego. 10 października 1982 r. zdecydowano wybudować drugi kościół w Ząbkach.
Wiosną 1985 r. przystąpiono do budowy fundamentów oraz murów kościoła.
W czerwcu 1989 r. brygada murarska rozpoczęła stawianie ścian drugiej kondygnacji kościoła. Intensywnym działaniom, zmierzającym do wybudowania kościoła materialnego, towarzyszyły liczne wydarzenia i przedsięwzięcia, których celem była troska o rozwój duchowy parafii. Jednym z ważniejszych była trwająca 5 lat peregrynacja kopii cudownego obrazu Matki Bożej Jasnogórskiej, który w latach 1987-1992 nawiedził wszystkie tutejsze rodziny.
19 maja 1991 r. pochodzący z nowej parafii – ks. Grzegorz Rowicki, odprawił Mszę św. prymicyjną.
W 2003 r. – z myślą o dzieciach i młodzieży z północnej części Ząbek – ksiądz proboszcz wyraził zgodę i zaangażował się w uruchomienie w pomieszczeniach kościelnych gminnej świetlicy środowiskowej.
Z okazji 100. rocznicy powstania Szpitala dla Nerwowo i Psychicznie Chorych „Drewnica”, znajdującego się na terenie parafii, bp Romaniuk pobłogosławił 9 maja 2003 r. nową kaplicę szpitalną znajdującą się w zaadaptowanym na ten cel zabytkowym budynku. Parafia aktywnie włączyła się zarówno w same obchody jubileuszu, jak i w prace remontowe w kaplicy, zakupując m.in. tabernakulum.
Kościół ten jest charakterystycznym miejscem w Ząbkach.