Ako naznačuje názov obce, pôvodné osídlenie na území dnešnej obce bolo spájané s hrnčiarstvom. V písomných prameňoch sa uvádza ako Gerenche, Hrnczarowcze alebo Gerencsér. Hrnčiarovce boli jednou zo štyroch poddanských dedín mesta Trnavy. Už v prvej písomnej správe z roku 1270 sa Hrnčiarovce spomínajú ako dedina patriaca slobodnému kráľovskému mestu Trnave. Z obsahu listiny je zrejmé. že mesto získalo dedinu oveľa skôr. V nasledujúcich rokoch síce došlo ku krátkodobým zmenám v držbe obce (patrila Artlébovi, komorníkovi českého kráľa Přemysla Otakara II., neskôr magistrovi Kiliánovi), ale od roku 1291 znovu patrila Trnave a tento vzťah pretrval bez dlhodobejších zmien počas niekoľkých storočí.
Obyvatelia Hrnčiaroviec mali s obyvateľmi Trnavy podľa najstarších historických správ spoločné hospodárske záujmy a podľa všetkého participovali aj na niektorých výhodách udelených mestu Trnava (napr. oslobodenie od platenia daní a poplatkov). Postupom času sa však tento vzťah vykryštalizoval jednoznačne do poddanského vzťahu (mesto Trnava ako zemepán poddanskej dediny Hrnčiarovce) a v tejto podobe pretrval až do konca feudalizmu. V 16. storočí mala dedina svojho richtára, dvoch pastierov a mlynára. V roku 1649 získala Trnava právo vyberať na hrnčiarovskom moste mýto a následne postavila na konci dediny hostinec, ktorý bol zároveň mýtnou stanicou. Okrem toho bola v dedine vďaka výhodnej polohe pri hlavnej ceste zriadená aj poštová stanica (1558). Do mesta Trnava bola poštová stanica presťahovaná po takmer 200 rokoch (v roku 1731) na príkaz cisára Karola VI.
V priebehu storočí sa menila výška poplatkov, ktorú museli Hrnčiarovce odvádzať do mestskej pokladnice a zároveň pribúdali rozličné povinnosti. Vrchol dosiahli začiatkom 18. storočia, kedy museli sedliacke usadlosti platiť ročne poplatok 80 denárov, želiari 40 denárov, obec musela platiť viničný poplatok 60 zlatých, hodovné 30 zlatých, richtárovi mesta 32 zlatých, mestskému voliarovi 14 zlatých, drábom 2 zlaté a 40 denárov. Okrem toho musel každý poddaný odovzdať stanovené množstvo masla, vajec, sliepok a obec ako celok musela prispievať aj ďalšími naturáliami (jedno teľa, dva barany, dva bravy, sto vajec a osem sliepok). Mimoriadne ťažkým bremenom bola povinnosť ručnej roboty (6 dní v týždni) alebo so záprahom (3 dni v týždni). Sedliaci a želiari mali podelený háj, z ktorého mohli zužitkovať tenký dubový porast a kroviny. V chotárnej časti Syslové sa pôvodne nachádzali vinice, začiatkom 18. storočia však boli vyklčované a premenené na polia. V tom čase pociťovali Hrnčiarovce nedostatok plôch vhodných na pasenie dobytka. Obecný pasienok bol malý a ani zďaleka nestačil obecným potrebám. Spásanie nízkych porastov v lesíku Hložie bolo obmedzené zásahom mesta, ktoré koncom štyridsiatych rokov 18. storočia pripojilo lesík k svojmu majeru Kočišské. hrnčiarovským obyvateľom ho vrátilo do užívania až po roku 1768. Okrem toho v časti pasienka zvaného Richtárske ťažili hlinu trnavskí hrnčiari, čo im bolo po protestoch hrnčiarovských obyvateľov v r. 1768 zakázané.
28. novembra 1971 bola obec Hrnčiarovce nad Parnou pričlenená k mestu Trnava ako jeho miestna časť Hrnčiarovce (Trnava 4). Na základe referenda o odčlenení od mesta sa Hrnčiarovce nad Parnou takmer po 23 rokoch opätovne stali samostatnou obcou k 1. 2. 1994.