La Chiesa di San Giovanna in Val di Lago fu eretta tra il 1563 ed il 1590 sui resti dell'antica Chiesa già dedicata a San Giovanni Battista, ad opera dell'architetto Pietro Tartarino, progettista della Cathedrale di Montefiascone, che aveva acquisito precedenti experienze sollo la guida dell'architetto Alberto da Sangallo.
Nel 1683 un tremendo terremoto lo distrusse quasi del tutto; la popolazione, composta in gran parte da contadini molto poveri, non aveva avuto i mezzi per poter ricostruire le case e, soprattutto, era flagellata dalla malaria, che ciclicamente infuriava sulle rive del lago provocando continue vittime. In tanti, quindi, avevano abbandonato il paese e i terreni circostanti, non più coltivati, si erano trasformati in pascoli e paludi, incrementando così la diffusione del morbo. A causa delle continue frane e i tentativi di bonifica falliti, papa Clemente XIV decise di costruire per la popolazione della vecchia San Lorenzo un nuovo paese in una posizione salubre nella collina sovrastante, poco più distante dal lago e sulla Via Cassia, in modo tale da facilitare i commerci e le comunicazioni. Fu così che nel 1774 nacque San Lorenzo Nuovo. I lavori, iniziati sotto papa Clemente XIV, furono poi conclusi sotto Pio VI. Per la costruzione delle prime case furono, inoltre, utilizzate le pietre del vecchio borgo.
E'batato che intorno al 1800 la festa annuale di San Giovanni e la relativa messa cantata fossero tasferite dal luogo antico della chiesa al paese di San Lorenzo Nuovo, perché trascuratezza e scadenza invitessero anche la strutture lignea del tetto da rendere necessaria nel 1828 la sua demolizione.
Die Kirche San Giovanni in Val di Lago wurde zwischen 1563 und 1590 auf den Überresten der ebenfalls Johannes dem Täufer geweihten Kirche errichtet.
Im Jahr 1683 zerstörte ein schreckliches Erdbeben San Lorenzo Vecchio fast vollständig; die Bevölkerung hatte kaum die Mitteö für den Wiederaufbau. Zudem wurde die Bevölkerung von Malaria geplagt, die zyklisch an den Ufern des Sees tobte. Viele hatten also das umliegende Land verlassen. da dieses nicht kultiviert wurde, verwandelten sich Weiden und Sümpfe, was die Ausbreitung der Malaria noch förderte. Aufgrund der kontinuierlichen Erdrutsche in San Lorenzo und der gescheiterten Versuche die Malaria einzudämmen, hatte Papst Clemenz XIV entschieden, für die Bevölkerung des alten San Lorenzo, ein neues Land in einer gesünderen Lage in den Hügeln oberhalb, ein wenig weiter weg vom See und an der Via Cassia, zu bauen. So begann man im Jahr 1774 San Lorenzo Nuovo zu errichten. Für den Bau der ersten Häuser wurden auch Steine des alten Dorfes verwendet.
Das besiegelte letztlich auch das Schicksal von san Giovanni in Val di Lago, denn ab dem Jahr 1800 wurde die Johannesfeier und die gesungene Messe vom alten Ort der Kurche nach San Lorenzo Nuovo verlegt. Nachlässigkeit und Verfall bemächtigten sich der Holzstruktur des Daches, sodass es 1828 abgetragen werden musste.