Od roku 1991 ogłaszane są konkursy na dyrektorów szkół. Podczas pierwszego posiedzenia Rady Pedagogicznej 29 sierpnia 1991 roku nowa dyrektor wprowadza znaczące rozwiązania organizacyjne: obowiązek sprowadzania przez nauczycieli uczniów do szatni po skończonych lekcjach, nowy rozkład dzwonków w szkole uwzględniający przerwę śniadaniową i dwie przerwy obiadowe, zmianę numeracji sal lekcyjnych, zmianę przeznaczenia wejść do budynku oraz niektórych pomieszczeń szkolnych, dyżur portiera przy wejściu głównym do szkoły, nową kolorystykę ścian – „w odnowionym wystroju uderza stały zestaw kolorów: niebieski, żółty”. Kolory te są do dzisiaj charakterystyczne dla Szkoły Podstawowej nr 140 i utrwalone zostały w jej logo oraz w logo powstałego w 1999 roku w wyniku reformy systemu oświaty Gimnazjum nr 4 (obecnie Gimnazjum nr 104). W programie wychowawczym szkoły położono duży nacisk na rozwój społeczny dzieci, stąd szczególną opieką objęto harcerstwo i samorząd szkolny. W sferze dydaktycznej wprowadzono próbę odejścia od tradycyjnego systemu klasowo – lekcyjnego na rzecz zajęć terenowych o charakterze warsztatowym.