Pastatyta naujoji bažnyčia – dvibokštė, vienanavė, tarsi sunertu iš trijų pailgų tūrių korpusu. Po visu bažnyčios pastatu yra trijų navų rūsys su dvylika kriptų, kuriose laidoti vienuoliai ir vienuolyno fundatoriai. Paties vienuolyno pastatas su šventove sujungtas per visą šventorių ėjusia požemine perėja. Sprendžiant iš šalia vienuolyno esančių mūro liekanų, vienuolynas su bažnyčios šventoriumi greičiausiai buvo apjuosti aukšta mūrine tvora.
Iš rekonstruoto vienuolyno pastato išliko tik dviaukščio pastato su skliautuotomis patalpomis struktūra. Bažnyčia taip pat pat neišvengė permainų: 1832 metais, uždarius vienuolyną, ji buvo rekonstruota ir paversta stačiatikių cerkve. Rekonstrukcijos nepaliestas ansamblis buvo užfiksuotas dailininko Jules Cheret piešinyje „Antalieptės griuvėsiai“
1893 m. buvusiose basųjų karmelitų valdose įsteigtas stačiatikių vienuolynas, bažnyčia paversta cerkve. 1906 m. buvusiuose vienuolyno namuose įkurta mergaičių mokytojų seminarija ir ūkio mokykla. 1918 m. bažnyčia buvo grąžinta katalikams, bažnyčios ir parapijos gaivinimo ėmėsi kun. Stanislovas Stakelė, vienuolyno patalpose įsteigta pradinė mokykla. 1924 m. į Antalieptės buvusį karmelitų vienuolyną atsikėlė Švč. Jėzaus Širdies moterų kongregacija. Vienuolės įsteigė žemės ūkio mokyklą, vidurinę ir pradinę mokyklas, vaikų darželį ir prieglaudą, amatų mokyklą bei vienuolių naujokyną.
Šiuo metu lankymui pritaikomame vienuolyno komplekse yra galimybė apsistoti, sudalyvauti edukaciniame užsiėmime, susipažinti su vienuolyno ir visos paveldo turtingos Antalieptės istorija.