Noteć przepływa przez trzy województwa: kujawsko-pomorskie, wielkopolskie oraz lubuskie. Dzieli się na dwa odcinki:
Noteć Górna – od źródeł do Nakła o długości (204 km),
Noteć Dolna – od Nakła do ujścia do Warty (187 km).
Źródło Noteci znajduje się na obszarze pomiędzy wsią Szczecin a Bogołomia w gminie Chodecz, na Pojezierzu Kujawskim, na zachód od Jeziora Kromszewskiego. Stąd płynie w kierunku południowo-zachodnim do jeziora Przedecz.
Dalej rzeka przepływa przez Jeziora Brdowskie, Modzerowskie oraz Długie. Następnie płynąc na zachód, a potem na północ, przepływa wzdłuż jez. Gopło.