Tai bažnyčia stovinti Kurklių miestelio centre. Turi liaudies architektūros ir neoklasicizmo bruožų. Iki 1669 m. pastatyta koplyčia. Ją aptarnavo Kavarsko kunigai. 1700 m. įsteigtas reguliariųjų atgailos kanauninkų vienuolynas, pastatyta pirmoji bažnyčia (fundatorius Kristupas Zaviša).
1735 m. pastatyta medinė bažnyčia. Ją aptarnavo vienuoliai. Nuo 1782 m. veikė parapinė mokykla. Iki 1783 m. pastatytas priebažnytis. 1783 m. įsteigta parapija. Rusijos valdžia 1832 m. vienuolyną uždarė. Parapija 1849 m. priskirta prie Žemaičių vyskupijos. 1871 m. gautas leidimas statyti naują medinę bažnyčią. Ji pastatyta 1874 m. Tarpukariu prie bažnyčios veikė pavasarininkai, katalikų vyrų sąjunga, angelaičiai, katalikių moterų sąjungos skyrius.
Kurkliuose 1930 m. rugpjūčio 17 d. surengtas katalikiškų organizacijų kongresas (dalyvavo vyskupas Mečislovas Reinys, prof. Pranas Dovydaitis). 1938 m., minint Lietuvos nepriklausomybės 20-metį, prie bažnyčios pastatytas ornamentuotas kryžius. 1939 m. pastatyti parapijos namai. Bažnyčia turi liaudies architektūros ir neoklasicizmo bruožų, kryžminio plano, žemu transeptu, su bokšteliu virš frontono. Šventoriaus tvora akmenų mūro, su stulpiniais vartais. Jame yra aštuonkampė medinė varpinė, statyta 1874 m.
